放大(图片来源:Wladimir Bulgar via Getty Images )
2019年12月18日,武汉市中心医院收治了一名具有冬季流感常见症状的患者:一名65岁的男性,伴有发热和肺炎。急诊科主任艾芬监督了一个典型的治疗方案,包括抗生素和抗流感药物。
根据新闻报道和进化生物学家 Michael Worobey 对这一时期的详细重建,六天后,病人仍然生病,艾未未感到困惑。呼吸部门决定通过读取其遗传密码来尝试识别有罪的病原体,这一过程称为测序。他们用盐水冲洗了患者的部分肺部,收集了液体,并将样本送到了一家生物技术公司。 12 月 27 日, 医院得出结果:该男子感染了一种新型冠状病毒,与 17 年前开始的 SARS 疫情密切相关。
最初的 SARS 病毒在记录到第一例病例后五个月进行了测序。这种类型的传统测序一次只读取一个生物体的完整遗传密码或基因组,首先需要将其从样本中仔细分离出来。武汉市中心医院聘请的研究人员使用一种称为宏基因组测序的要求更高的技术,能够如此快速地绘制出这种新病毒的图谱,该技术可以同时读取样本中每个生物体的基因组,而无需进行如此耗时的准备工作。如果说传统方法就像是在书架上找到一本书并复制它,那么宏基因组测序就像是从书架上抓起所有的书并一次扫描它们。