尽管生物燃料号称对气候有益，但其扩张是否会增加温室气体排放？这是世界资源研究所（World Resources Institute）一份新报告的论断。该研究所过去曾对美国的生物燃料政策持批评态度。Ars Technica网站转载了非营利、无党派新闻机构“气候新闻内幕”（Inside Climate News）的一篇文章，该机构对这一说法进行了调查。该研究所的新报告基于100项关于生物燃料影响的学术研究，“得出结论：（美国）乙醇政策在很大程度上是失败的，应该重新考虑，尤其是在世界需要更多土地来生产粮食以满足日益增长的需求的情况下。” 该报告的主要作者Haley Leslie-Bole表示：“多项研究表明，美国生物燃料政策已经重塑了农作物生产，取代了粮食作物，并增加了土地利用、耕作和化肥使用带来的排放。” “尤其是玉米基乙醇，导致了营养物流失、水质下降，并损害了野生动物栖息地。随着气候压力的增加，增加灌溉和第一代生物燃料的提炼可能会加剧中西部地区本已易受干旱影响的地区水资源短缺……”事实上，它产生的温室气体可能比它原本打算取代的化石燃料还要多。最近的研究表明，生物燃料提炼厂还会排放大量致癌和危险物质，包括己烷和甲醛，其排放量甚至高于石油提炼厂。这份新报告指出，有研究表明，增加玉米和大豆生物燃料的产量实际上可能会增加温室气体排放，这主要源于为补偿中西部地区的土地使用而在其他国家清理土地而产生的碳排放。此外，玉米是一种特别耗肥的作物，需要大量的氮基肥料，而氮基肥料与土壤接触时会释放大量的一氧化二氮。迄今为止，美国农业已经是美国国内一氧化二氮排放的最大来源——约占50%。如果生物燃料政策导致产量扩大，这种威力巨大的温室气体的排放量也可能会增加。
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